Analyser de larges volumes de données neurobiologiques

Laurent Perrinet

[2024-03-27] Emergences workshop, Autrans, France

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laurent.perrinet@univ-amu.fr

Techniques d’enregistrement de données neurobiologiques

Enregistrement extracellulaire

[Hubel & Wiesel, 1962]
[Hubel & Wiesel, 1962]

Aire visuelle primaire

Enregistrement extracellulaire

[Hubel & Wiesel, 1962]

Multi-électrodes

[[Microelectrode array (MEAs)](https://en.wikipedia.org/wiki/Microelectrode_array)]
[Microelectrode array (MEAs)]

Différentes échelles

[[Chemla *et al*, 2017](https://dx.doi.org/10.1117/1.NPh.4.3.031215)]
[Chemla et al, 2017]

Vers des données massives

[[Stevenson and Kording, 2011](https://europepmc.org/backend/ptpmcrender.fcgi?accid=PMC3410539&blobtype=pdf)]
[Stevenson and Kording, 2011]

Vers des données massives

[[Steinmetz *et al*, 2017](https://www.ucl.ac.uk/neuropixels/)]
[Steinmetz et al, 2017]

Techniques d’analyse des données neurobiologiques

Méthodes statistiques

[[Ladret *et al*, 2023](https://laurentperrinet.github.io/publication/ladret-23/)]
[Ladret et al, 2023]

Méthodes statistiques

[[Ladret *et al*, 2023](https://laurentperrinet.github.io/publication/ladret-23/)]
[Ladret et al, 2023]

Méthodes statistiques

[[Ladret *et al*, 2023](https://laurentperrinet.github.io/publication/ladret-23/)]
[Ladret et al, 2023]

… et au-delà!

[[Churchland & Cunningham et al. (2012)](https://www.thetransmitter.org/how-to-teach-this-paper/how-to-teach-this-paper-neural-population-dynamics-during-reaching-by-churchland-cunningham-et-al-2012-3/)]
[Churchland & Cunningham et al. (2012)]

… et au-delà: le décodage

[[Ladret *et al*, 2023](https://laurentperrinet.github.io/publication/ladret-23/)]
[Ladret et al, 2023]

… et au-delà: le décodage

[[Ladret *et al*, 2023](https://laurentperrinet.github.io/publication/ladret-23/)]
[Ladret et al, 2023]

… et au-delà: le décodage

[[Ladret *et al*, 2023](https://laurentperrinet.github.io/publication/ladret-23/)]
[Ladret et al, 2023]

Brain-Computer Interface (BCI)

[[Interface neuronale directe (BCI)](https://fr.wikipedia.org/wiki/Interface_neuronale_directe)]
[Interface neuronale directe (BCI)]

Perspectives et opportunités du neuromorphique

Exploitation d’un timing précis

[[Mainen & Sejnowski, 1995](https://github.com/SpikeAI/2022_polychronies-review/blob/main/src/Figure_2_MainenSejnowski1995.ipynb)]
[Mainen & Sejnowski, 1995]

Exploitation d’un timing précis

[[Mainen & Sejnowski, 1995](https://github.com/SpikeAI/2022_polychronies-review/blob/main/src/Figure_2_MainenSejnowski1995.ipynb)]
[Mainen & Sejnowski, 1995]

Exploitation d’un timing précis

[[Kremkow *et al*, 2016](https://laurentperrinet.github.io/publication/kremkow-16/)]
[Kremkow et al, 2016]

Exploitation d’un timing précis

[[Diesmann et al. 1999](https://github.com/SpikeAI/2022_polychronies-review/blob/main/src/Figure_3_Diesmann_et_al_1999.py)]
[Diesmann et al. 1999]

Codage par latence

[[Haimerl et al, 2019](https://laurentperrinet.github.io/publication/grimaldi-22-polychronies/)]
[Haimerl et al, 2019]

Codage par latence

[[Thorpe (2001)]](https://laurentperrinet.github.io/2022-01-12_NeuroCercle/#/2/1)
[Thorpe (2001)]

Latences et rapidité

Visual latencies ([see review](https://laurentperrinet.github.io/publication/grimaldi-22-polychronies/)).
Visual latencies (see review).

Algorithmes neuromorphiques

Always-on classification using HOTS

[[Grimaldi, Boutin, Sio-Ieng, Benosman & LP, 2023](https://laurentperrinet.github.io/publication/grimaldi-23/)]
[Grimaldi, Boutin, Sio-Ieng, Benosman & LP, 2023]

Always-on classification using HOTS

[[Grimaldi, Boutin, Sio-Ieng, Benosman & LP, 2023](https://laurentperrinet.github.io/publication/grimaldi-23/)]
[Grimaldi, Boutin, Sio-Ieng, Benosman & LP, 2023]

Always-on classification using HOTS

[[Grimaldi, Boutin, Sio-Ieng, Benosman & LP, 2023](https://laurentperrinet.github.io/publication/grimaldi-23/)]
[Grimaldi, Boutin, Sio-Ieng, Benosman & LP, 2023]

Spiking motifs in vision

[Grimaldi *et al*, 2023, [Precise Spiking Motifs](https://laurentperrinet.github.io/publication/grimaldi-22-polychronies/)]
[Grimaldi et al, 2023, Precise Spiking Motifs]

Spiking motifs in vision

Spiking motifs in vision

[Grimaldi & LP (2023) Biol Cybernetics](https://laurentperrinet.github.io/publication/grimaldi-23-bc/)
Grimaldi & LP (2023) Biol Cybernetics

Spiking motifs in vision

[Grimaldi & LP (2023) Biol Cybernetics](https://laurentperrinet.github.io/publication/grimaldi-23-bc/)
Grimaldi & LP (2023) Biol Cybernetics

Spiking motifs in vision

[Grimaldi & LP (2023) Biol Cybernetics](https://laurentperrinet.github.io/publication/grimaldi-23-bc/)
Grimaldi & LP (2023) Biol Cybernetics

Spiking motifs in vision

[Grimaldi & LP (2023) Biol Cybernetics](https://laurentperrinet.github.io/publication/grimaldi-23-bc/)
Grimaldi & LP (2023) Biol Cybernetics

Spiking motifs in vision

[Grimaldi & LP (2023) Biol Cybernetics](https://laurentperrinet.github.io/publication/grimaldi-23-bc/)
Grimaldi & LP (2023) Biol Cybernetics

Spiking motifs pour la bio (HD-SNN)

Spiking motifs pour la bio (HD-SNN)

LP (2023)

Future steps

  • unsupervised
  • high-throughput
  • real-time

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